Unmittelbar nach dem „Anschluss“ Österreichs an das Deutsche Reich am 12. März 1938 begannen die Übergriffe gegen die jüdische Bevölkerung und deren Eigentum. Am 20. Mai 1938 wurden die „Nürnberger Gesetze“ eingeführt, die ungeachtet des Religionsbekenntnisses jeden Menschen zum „Volljuden“ erklärten, der drei jüdische Großeltern hatte. Berufsverbote und Enteignungen entzogen den Betroffenen jede Lebensgrundlage. Rechtliche Schikanen und Einwanderungsbeschränkungen erschwerten die Flucht.

Im Juni 1940 wurde die IKG St. Pölten aufgelöst, die Verbliebenen mussten zwangsweise nach Wien übersiedeln. Ab Februar 1941 setzten von dort die Deportationen an die Orte der Massenvernichtung ein. Etwa 480 der rund 1000 jüdischen und als jüdisch definierten Menschen gelang die Flucht, 22 Personen überlebten in sogenannter „geschützter Mischehe“ oder als „U-Boote“ in einem Versteck.

422 Männer, Frauen und Kinder wurden von den Nationalsozialisten ermordet, das Schicksal von weiteren 153 ist derzeit unbekannt.